同一时期，杨荣、姚得胜率所部叛军在东线作战。当杨玉科率部进攻武定等地时，杨荣、姚得胜为牵制清军，由滇东向昆明进军。3月叛军一举攻占省城东北重镇杨林，清军守将何秀林率部退守宜良。
叛军乘胜由长坡向大板侨一带进攻，占据昆明城东小偏桥、十里铺、羊房凹、牛街、兴福寺等地，使省城清军大为震惊。4月由马周率领的一支回民叛军也乘澂江空虚袭占了该城。
岑毓英慌忙调集杨玉科、张保和、吴永安、徐联魁、李廷标诸部救援省城。叛军由于缺乏统一的领导和指挥，各部之间不能协调一致地行动，因而没能趁此有利时机狠狠打击各部。
岑毓英利用叛军这个明显弱点，集中兵力向小偏桥一带猛攻。清军采取分割战术，将叛军隔为数段，然后各个击破。经过近两个月的反复争夺，至6月初，小偏桥、十里铺、长坡等要地均被清军攻占，叛军伤亡万余人不得不狼狈撤出。
叛军屯兵昆明城下一年有余，由于战线过长，后勤供应难于保证，粮食弹药时有短缺，加之传染病流行和频繁战斗，部队大量减员，特别是久攻昆明不克，战斗意志大受影响，士气逐渐消沉起来。
清军攻占小偏桥、长坡等地之后，即向杨林进攻。叛军因大量伤亡，于6月11日撤出杨林。接着岑毓宝由杨林、杨玉科由昆明合攻嵩明。在清军威逼之下，守将叛军大司寇李芳园、大司平马兴堂挟持杜文秀派到前线监军的女儿蔡杜氏（蔡廷栋之妻）于6月13日不战而降。
在此期间，巡抚刘岳昭部将李家福、刘岳曙亦率湘军向寻甸进攻，相继占领了七星桥、文笔山、望城坡等要隘，进逼州城。留守寻甸的叛军大司理马天顺等动摇妥协，在清军剿抚兼施之下，竟于6月20日率军投降，寻甸、果马等地遂为清军占领。至此清军完全控制了昆明以东地区。
之后岑毓英和马如龙坐镇省城，积极准备向围城叛军进行全面反攻。他们除雇请外国人训练清军使用从国外买进的新式大炮外，并调集大量清军回昆明，其中有岑毓英部将岑毓宝和岑毓琦所率滇军、刘岳昭部将李家福所率湘军及马天顺等部降军。
1869年7月，清军首先进攻城南叛军阵地。至8月初李家地、老鸦营、大营寺等地均为清军占领。老鸦营距南门外三捷桥清军营垒仅一里左右，是通往叛军大营江右馆的必经之路。老鸦营失守，城西叛军和江右馆的联系便被切断。
岑毓英一面派副将张保和率部攻昆阳、副将范清率部攻安宁、总兵李维述率部攻广通、总兵杨玉科率部攻元谋、副将何秀林率部攻易门；一面施行离间计，使叛军将领不能团结对外，反而互相疑忌。
叛军大司疆段成功粮尽，求借于扬威大都督蔡廷栋和大司令马清，蔡、马二人都不借给。9月18日段成功遂向清军投降，将城南西岳庙一带二十余处营垒全部献给清军。
岑毓英、马如龙乘叛军内乱之机，指挥清军向城南、城西、城北的叛军发动全面进攻。起义军营垒多被攻破，仅存城南江右馆、城北马村、城西土堆三处，但兵力已不足万人。
战斗打到这份上，凡是有脑子的都看出叛军已是强弩之末，这时坐镇贵阳的云贵总督劳崇光坐不住了，急率手下督标卫队赶赴昆明前线，做那让人不耻的摘桃之举……
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