就在永乐七年，他再一次出兵，平定了东潮、谅江等府州。不久，在木丸江击破黎季嫠的舟师，斩首一万级，擒获将校一百余人，贼人溺死无数，到同年五月，他到达奇罗海口，抓获黎季嫠和他的儿子黎苍，以及伪太子诸王将相大臣等人。槛车送入京师，安南平定。计算府州四十八个，县一百八十个，户三百一十二万。访求陈民的后代，但找不到，便设交趾布政司，将其土地内属于朝廷。，
自此，唐朝灭亡后，沦为蛮服达四百余年的安南，重新收入大明版图。朱棣为此诏告天下，诸王和百官都奉表祝贺，待第二年他整军回到京师。朱棣再在奉天殿赐宴招待他，并赋写了《平安南歌》，进封他为英国公，岁禄三千石，给予世袭诰券，自此无人再敢言他荫庇父亲的功勋，而他立下的功勋，满朝文武唯独建在的丘福能比肩。
当他没想到的时候，就在一年前，本雅失里杀使臣郭骥，朱棣大为震怒，当即命荣禄大夫、右柱国、中军都督府左都督，封淇国公的丘福为征虏大将军，担任总兵官。武城侯王聪、同安侯火真为左、右副将，靖安侯王忠、安平侯李远为左、右参将，率十万骑兵出塞。
临出征之时，朱棣担心丘福会轻敌，叮嘱他：”兵事须慎重。自开平以北，即不见寇。宜时时如对敌，相机进止，不可执一。一举未捷，俟再举。”此时大军已出发，又派人传达诏书，如军中有人说敌军容易击败，切勿相信。
丘福出塞后，率领千余人先至胪朐河南。击溃了敌军一些散兵，然后渡河。俘获敌军尚书一人，给他酒喝，并询问本雅失里的所在地。那敌将告诉丘福，那些鞑子官兵听说丘福亲自率领兵马前来，早已往北方逃走了，在三十里外可以看到他们？“
丘福丝毫不疑心，当即大为高兴，并说：“当疾驰擒之。”诸将请求等待各路军队齐集，探明虚实然后再进兵，丘福不听。并以尚书为向导，步步进逼敌营。
交战两天，每次战斗，敌总是佯装战败撤退，丘福执意乘胜而入。李远劝谏说：”将军轻信敌闲，悬军转斗。敌示弱诱我深入，进必不利，退则惧为所乘，独可结营自固。昼扬旗伐鼓，出奇兵与挑战；夜多燃炬鸣炮，张军势，使彼莫测。俟我军毕至，并力攻之，必捷。否，亦可全师而还。始上与将军言何如，而遂忘之乎？”王聪亦持同样意见，力言不可。但丘福不顾众人反对，厉声道：“违命者斩！”，而后继续领兵孤军深入，骑兵等都哭泣。诸将不能阻止被逼随行，大军进了敌军的腹地后，四周忽然出现了许多的鞑子，将丘福的大军重重包围。丘福及诸将等全军覆没，自此靖难三大名将都死了，满朝文武百官唯独剩下他了，这份高处不胜寒的感觉，让他很享受。
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