由于东林党人威胁到其他非东林党人的利益，许多非东林党的官员为自保也纷纷以地域为单位，以高官为领袖，结成帮派，一时朝中宣党、浙党、楚党、齐党林立，他们联合起来打击东林党人。斗争由原来的阁部之争和门户之争逐渐演变为党派斗争，规模进一步升级，性质更加严重，影响也更加恶劣，明代政争急剧恶化，进入一个前所未有的新时代，非但如此，他们以自身利益出发，百般反对朝廷向工商业者收税，并借着崇祯帝清除魏忠贤势力的时机，取消或降低了海外贸易税、矿税、盐税、茶叶税等税种的税负，使得明末的财政收入来源更加单一，朝廷的税收来源更加依赖于普通的农民，再加上当时各种天灾不断，造成了大量农民破产，形成大量流民，直接导致了明末的农民大起义。所以后人有批评指责东林官员”对于明王朝的灭亡，他们比太监说犯的罪责更大，这话儿未免有些夸大，但也不能否认东林党人在明朝末年并没有起到很好的作用，反而将朝局推到了更恶劣的境地，李自成打到北京时，叫大臣来上朝，没一个肯来的。崇祯曾六下罪己诏，但他临终的遗言却是“诸臣误朕也。”罪了六次己，最终得出的感悟是：错都在你们，明熹宗临死前曾专门叮嘱崇祯说，魏忠贤“恪谨忠贞，可计大事”。人之将死，其言也善。朱由校在生命最后时刻对魏忠贤给予如此高的评价，固然掺杂着个人私情，但最主要的是他认识到了魏忠贤在处理“大事”方面的清醒和果决，尤其是在维护大局、知人善任、赏罚分明的关键问题上。
平心而论，魏忠贤为巩固个人权势，未免有党同伐异、残忍歹毒的罪恶一面，但从他曾经力排众议、大胆起用辽阳战败后遭受谗言的熊廷弼，抛开私怨、违心推荐赵南星、孙承宗等一批能臣直臣等诸多方面，可以看出，他还是心系大明江山的。魏忠贤主政期间，国内形势良好，辽东局势平稳，这还是应该被认同和肯定的。
崇祯即位的时候，海内难民揭竿四起、关外清兵虎视眈眈，在这种内忧外患的严峻形势下，朝廷迫切需要一位富有处理军国大事经验，以及善于把握动荡时局的“能人”来独当一面，虽然无法扭转国势日衰、积重难返的败亡趋势，但也不至于在短时间内坍塌崩溃。但崇祯为了整饬内政和平息民愤，更是为了独掌大权，借着朝廷文武大臣的“倒魏”怒潮，以迅雷之势，一举肃清了以魏忠贤为首的阉党集团。
崇祯十七年三月十四日，也就是他煤山上吊自杀殉国前的第五天，崇祯在大势已去、大厦将倾的绝望中，在听到太监曹化淳说的那句“忠贤若在，时事必不至此”的话之后，终于领会到天启皇帝临终前，强调魏忠贤“恪谨忠贞，可计大事”的深意所在。幡然醒悟的同时，无力回天的崇祯在精神上彻底崩溃了。收葬魏忠贤遗骸，既是他对魏忠贤价值和功绩的重新肯定，也是对自己17年执政生涯的全盘否定。从这个层面上看文人未必就比太监治国强多好，之所以太监被后人口诛笔伐说到底是书写天下的笔法在文人手里罢了，基于这个认识，杨峥才觉得在权利面前简单的以太监与文人来区分就太过简单的话了，一来人皆有私心，文人也例外，纵观古往今来能成就大事，把握权势，利用权势，造福天下百姓的无非是心系天下而已，但从这一点上看太监的表现其实并不差，文官有诸葛亮，有刘伯温，有张居正，太监同样有蔡伦，有高力士，有郑和丰功伟绩一点都不比文人少，看明白了这一点，杨峥再回过头来看王振与这份奏章的批复可以说是用到了好处，从日后的局面上看，倭寇毫无疑问是大明一大隐患，对这种生性残忍的敌人，最有力的手段，无非是不放过任何一个痛击的机会，打到他们怕，畏惧为止，王振能认识这一点，不管他目的如何，但从杨峥内心而言，他是对王振有几分好感的，随着大明海防的松弛，商品贸易的展开，势必会吸引更多的商客，既走不到和平的路子，那么掠夺就成了最佳的手段了，而朝廷的海防既已松弛，加上朝廷不愿意也无能力，去规范海上秩序，形成了沿海豪族、商人和日本武士相互勾结成海商集团，而不同集团为了垄断利益又发展武装、互相火并的局面。这些人既然已经拥有了武力，而朝廷海防又脆弱不堪，那么劫掠沿海地区就是顺手而为的事情了。所以在东南沿海一带，你若是留心点，就能看到很荒唐的一幕，每次倭寇来袭的时候，沿海军民与之作战时，倭寇天时地利无所不占，如鱼得水。而代表正义之师的官军，反而不受欢迎，举步维艰。不少沿海平民百姓甚至直接支援倭寇，参加过抗倭战争的明人万表记录道：“杭州城歇客的店家，明知是海贼，但贪图其厚利，任其堆货，且为打点护送。铜钱用以铸火铣，用铅制子弹，用硝造火药，用铁制刀枪……大船护送，关津不查不问，明送资贼。““近地人民或送鲜货，或馈酒米，或献子女，络绎不绝；边卫之官，有献红被玉带者……（与）五峰（即王直）素有交情，相逢则拜伏叩头，甘心为其臣仆，为其送货，一呼即往，自以为荣，矜上挟下，顺逆不分，良恶莫辨。“
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