相对于高雄上空的奇袭效果，针对基隆港的轰炸就显得比较被动了。
由于人才缺乏，“中山”舰一直没有合适的舰长人选，又因为航母每次出动必然是作为舰队的核心，所以一直没有正式任命的舰长，而是每次由舰队司令代行舰长之职。这样一来，一旦作战强度稍微高一点，舰队司令就会分身乏术，航母各部门没有统一的协调指挥，舰载机的运作就会出现混乱。
中山舰放出的第一个攻击波非常顺利，一切都有条不紊，但是以基隆作为目标的第二攻击波就有些麻烦了，原本该放在前面起飞的轻载战斗机被放在了中间，挂载了火箭弹的战机最后被两头放置，副油箱只配备了一半……航母为了纠正错误，不得不派出大量地勤人员在飞行甲板的跑道上临时将最前方飞机的火箭弹拆下来装到中间的飞机上去，从燃油库里面紧急调出足够的副油箱加在飞机上，比预计的起飞时间晚了25分钟。
由于护航的舰载机没能按时到位，为了安全起见，担任主力的QL-3轰炸机只能在马尾上空盘旋等待，直到舰载机梯队到达预计位置，轰炸机梯队才重新整队按原计划行动。
袭击基隆港的行动比原来推迟了差不多20分钟，带来的麻烦有两点，其一就是鬼子的防御体系有了更多的反应时间，不像高雄那边那样完全措手不及，其二就是轰炸机的燃油消耗超过预期，战场滞空时间严重缩短，很难继续完成精确轰炸。
有几架战斗机试图同时从不同角度切入，同时攻击呈交叉火力的几个防空阵地，但是密集有序的防空火力网在击伤4架ZQ-4D之后，舰载机1大队大队长郑少愚中校不得不命令放弃这样得不偿失的行为，转而使用火箭弹在速射高炮火力范围之外进行面覆盖攻击，主要覆盖目标是射高超过4000米的大口径高炮阵地，即使不能摧毁，也一定要达到火力压制，不能让他们威胁到QL-3轰炸机。
空军32航空师副师长王天祥得知情况后，当机立断调整战术，轰炸机群不再下降高度，反而爬升至6000米高度，以密集编队进行高空水平轰炸，同时放弃原来船坞、修理场和防空阵地，所有轰炸机以106航空团的长机为标杆，保持队型集中轰炸港口油库。
对基隆的轰炸最终草草收场，由于滞空时间受限和地面火力的威胁，即使将近一百吨炸弹投放下去，也没能完全摧毁油库，港口的其它军事目标更是受损微乎其微。反而舰载机部队11架战斗机被击伤，其中4架在着舰的时候严重受损，最终报废。
空32师前线指挥部正在讨论要不要请示师部和空总，重新组织第3攻击波次，再次轰炸基隆的时候，海军舰队发来电报，海军已有临时处置方案，请求轰炸机部队进行空中佯动，伺机轰炸台北日军机场，吸引日军注意力，掩护海军行动。
王天祥不知道陈绍宽想干什么，只能将电报原文转发成都，同样的，东方云明也不知道陈绍宽要干什么，但还是立刻给出批复：遵照舰队司令部的指令执行。
陈绍宽从回来的飞行员那里得知，由于中国海军力量一直很弱小，所以，基隆和高雄的岸防火力并不强，反而为了防备中国军队的空袭部署了不少的防空火力。
以此次舰载机出现后勤混乱的教训来说，目前中山舰的舰载机分为3-4个波次轮番出动比较恰当，每个波次20-24架飞机，这样航母可以同时执行舰载机的起飞和降落工作，所有的弹药准备和油料加注均在甲板上进行，修理和调度在机库内进行。
空军的中型轰炸机按照陈绍宽的指示，每次一两个中队组成轰炸机梯队，在舱内带上1吨左右的炸弹和足够的燃油从日军的防空区外来回地巡航飞行，每一次，不管是鬼子的陆航还是海航，总是派出几十架战斗机和侦察机交替不停地跟踪警戒，不敢有丝毫懈怠。
鬼子的飞行员是真恨不得冲上去把这些轰炸机打下来，否则就这样陪着玩太费神了，即使除去来回路途上的消耗和脱离敌机追击的加力消耗，中国的青龙-3轰炸机可以在两军势力交接处来回巡航长达6个小时，而鬼子的手里即使是零式，除去来回路上的消耗和加力追击的消耗，最多能在交界区域停留不超过3小时，如果是九六舰战或者陆军的九七式战，能够在交界区域停留的时间不超过1个半小时，而且越是试图加速追击和脱离，中国军队轰炸机的滞空时间优势越明显。也就是说，中国军队每派出一波次的轰炸机，鬼子至少需要前后两个波次的零式或者5-6个波次的其它型号的战斗机，这对鬼子的地勤来说简直就是噩梦。而关键的关键就在于，你小鬼子还不敢不接招，必须派战斗机跟着，每时每分每秒都不敢让这些轰炸机脱离己方的监视。否则只要防线出现漏洞，这些小规模的轰炸机编队就可以突破到台湾岛上空，即使这样稀疏的队形很难对地面的重要目标造成实质性的毁伤，可是对台湾军的士气会是极大的打击，对东京方面也没法交代。
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