真龙元年，在李璟的授意下，监军国事睦王李倚正式上书长安朝廷，提请幽州蓟城正式升为大唐第六座都城，以京师为西京，改东都为东京，改北都为北京。凤翔府号为西京，成都为南京，燕京为上京。中京京兆府，东京河南府，北京太原府，南京成都府、西京凤翔府，并改幽州为顺天府，共为六府六京。
上京顺天府，设留守朝廷，以监国睦王李倚镇守上京留守监军国事，以平章军国重事秦王李璟为上京留守，顺天府尹。同时，在上京设立三省六部诸衙，一应仿长安朝廷设置，尚书、门下、中书三省，又有三台六部五寺九监，留守部衙规则只比长安中枢朝廷低半格。李璟就任上京尚书令兼中书令、侍中，并任御史台御史大夫。
新设三省六部九寺五监三台，与秦藩诸部衙合并。合并后，上京总有六省，除尚书、门下、中书核心三省外，还有秘书省、殿中省、内侍省三省辅助，主掌宫廷等事务。在尚书省下的六部之外，还有九寺的职能为六部补充，并且秦藩还设有次一级的财政、建设、交通等十八个司，这十八个司并不直属于六部，是独立于六部二十四司之外的新设之司。
原有的监察厅、检察厅等厅衙依然保留，加上秦藩原来的内阁和五军都督府以及参谋院，整个秦藩的中央部衙规模扩大许多，职能分工更加明确。
总的来说，依然是省阁院府的格局，三省和内阁及参谋院、五军都督府这四大部门为核心。
上京各部衙纷纷兼并重组或者新设，整个燕京的权力格局也再一次洗牌。
李璟也借此机会，开始对调中枢的重要官员们。
尚书省的崔芸卿和李振这两个左右仆射，李璟将他们调任到门下和中书二省，尚书省其它官员也多调任二新设之省，然后又从地方各行省抽调官员以及部份燕京官员，组成新的尚书省。同时，内阁也完成换届，原内阁学士们调任地方，新的内阁学士从各书院和学院抽调德高望重的学者担任。就连参谋院和五军都督府也与兵部一起，三衙对调。
短短时间，李璟就对整个秦藩的上层来了一次大调整，其目的自然是不让人长期执掌一衙，特别是挂着参加政事的政事堂宰相们长期把持一衙，使得诸相的权利过大，以影响抑制李璟的君权。早在以前，李璟就定下了各个官职的任期，这并非是空话。
如尚书省的左右仆射，这是首相和次相，李璟早就规定，五年一任，最多连任两年。届满之后，就得转任他职。按李璟的制度，以后各省的主官，如尚书省左右仆射，门下省门下左右侍郎，中书省中书左右侍郎等必须有先在地方担任总督的履历，才能入选。而少则一届，多则两届之后，三省主官要么退休，要么就得按制度对调中央他省。第二次中央三省任职，只能任职一届五年，届海后，要么加大学士、或者太傅等荣衔成为秦王顾问不再理具体事务，或者再转任地方行省担任总督职务。
这是一个严格的规定，三省的主官，得先有地方总督的任职履历，然后得在六部中担任过尚书主官，之后才能拜相成为三省主官。拜相入三省后，第一次可以连任两届，最多十年。然后必须得转任三省中的其它二省，或者转调地方行省。第二次中央三省主官只能担任一届，届满就得离职，或者调入地方，或者加荣衔成为秦王顾问，不再理具体实务。
对于其它的中央主要官职也几乎如此，内阁成员更是只能从学院和书院中选任德高望重五十岁以上者，任满最多两届就不能再连任。
而分掌兵权的参谋院和五军都督府以及兵部三衙，更是严格规定不得连任，五年期满，就得三衙对调。
虽然这样的制度，会照成一些弊端，比如一些贤相可能得受制于任期，任满之后不得续任。但李璟认为，把官员的任期缩短，也还是利大于弊端的。把整个官制弄的流动起来，这会大大增加中央和君主的集权，防止出现权相，或者各部衙职能下降的危害。同样的，这也是增强君主权威，平衡秦藩官制设定中诸相权力很大的一种方法。
在李璟如今的权威之下，这新的改革很快就颁行下去。
崔芸卿调任到了辽西行省任总督，保留同平章事的宰相荣衔，和太傅的荣衔，但不再是政事堂会议成员，也就等于不再是真正的宰相。尚书右仆射李振，则被调任中书省门下左侍郎之职，按新制度，三省的六个主官都直接就是政事堂的参知政事，是宰相。因此，李振依然是真宰相。不过从尚书省转到门下省，他也从次相位置离开，制度规定，首相由尚书省左仆射担任，次相由尚书省右仆射担任。
新的尚书省左仆射之职，李璟提名由郑从谠担任，次相之职由郑畋担任。这个拜相结果，让不少人都大为惊讶。二郑虽然在天下名望极重，但他们毕竟是李唐之臣，投奔秦藩时间并不久。秦王居然直接拜二人为相，而且还分别任首相次相，主掌尚书省这个核心中的核心部门，他们很难不震惊。不过许多人马上想到，年前郑从谠和郑畋都被李璟授为东北新设行省的总督，到现在，这个任职刚满一年。可从制度上来说，二人却是有地方行省总督的履历，是完全符合三省主官须先有行省总督履历的。并且二人上月从东北调回燕京，都还在六部中各担任了一个月的尚书职。从制度上来看，他们的拜相没有丝毫的问题。但从另一边可以看出，这是秦王早就谋划好的，为了让他们拜相，早在一年前就已经开始为他们铺路了。
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