三百年前的黑暗动乱前期，时局动乱，中州大地战火连天。
当时有个叫吴真卿的大道士，在时光动荡中东奔西走，奔走于各个军阀之间，所有军阀见到这名道士的人都敬称他为吴真人。
吴真人心系天下，而且资质极高，不到四十岁的时候就已经是当代道尊，一身道行深不可测。
而余悬梁第一次见到吴真人是在帝都随同其父亲看梅先生舞台生涯最后一次演出时，当时的余悬梁还年幼，不明白为什么所有人都对那个打扮奇怪的老头那么尊敬。
后来余悬梁的父亲去世，余悬梁在遗物中找到了一本笔记，上面写道：那天晚上，没人知道孙先生和那个装束奇怪的人聊了些什么，也没人知道那个人有什么身份背景，他似乎从此人间蒸发，再没了踪影。直到17年后我在净慧大师圆寂的那天又见到了他，可是我问了很多人，大家都说不知道那人是谁，他的容貌似乎老得很慢且让我记忆深刻，所以在一群人中我可以一眼认出他来。最后一次见到他是在1961年的帝都，梅先生的舞台生涯最后一次演出，戏闭，我问梅先生在二楼观梅台上独坐的那人是谁，梅先生只告诉我他姓吴，其它就没再多说。而我相信，这些只是我见的冰山一角而已，我想不通一个人到底有什么能耐能让这些足以在历史上绽放光华的人物如此奉承和忌惮，更可怕的是，所有人都对他一无所知。
那时候余悬梁年轻，是第一次从父亲的笔记中了解道门的人，他学医之后，越发不相信世上有道术，直到他看见有人可以隔空取物，有人可以御剑而行，余悬梁心底被深深震撼。
学医精湛的他想要弃医从道，却被告知年龄太大，而且不适合修道，于是余悬梁放弃道门的梦想，潜心钻研医道，主攻基因领域。那时候这一领域还不是很明朗，一切都还在探索之中，余悬梁是国内最早一批在这一领域有建树的医学专家。
三十岁的时候余悬梁被军方调到军事研究基地，他在军事研究基地内接触到了自己从未想过的神秘事件，并且很快成为军事基地的主要研究人员，被称为余教授。
余悬梁直接听命于当时的军方最高统帅，督国战神袁门隐，为他研究基因改良和长生不死之谜。
当时军师基地内每天都会死很多人，都是用以研究基因突变而死的实验对象，这些人中有的人是死囚，有的人是道门的人，也有的人是军方的士兵。
后来，军方的人在袁门隐的带领下开始猎杀佛门的高僧，夺取拥有长生和转世秘密的舍利子，并且猎杀道门各派的护山神兽，军方此举直接成为佛道两门和军方大战的引子，直到佛门禅宗虚云大师的七彩舍利被夺走，佛道两门率先爆发大战，军方很快参与其中，多方猎杀道门高手夺取内丹。
那时候的余悬梁有一天深夜醒来，突然觉得胸中发闷，张口便连吐了几大口血，他检查身体后才发现自己已经在日夜操劳中染了重疾，而且以当时的医疗手段根本没法治愈，唯一的办法就是他自己正在研究的长生药。
长生药，需要以佛门舍利和道家高手的金丹，辅以圣药和大妖的千年内丹作为药材，一旦研究出这些药材的秘密，就可以破解长生的秘密，打开人体的宝藏。
那时候的余悬梁收服了几个对自己忠心耿耿的道门高手，多少次周旋于军方和道门之间，直到黑暗动乱爆发，一直持续几十年，余悬梁的身体已经彻底破败，再也经不起折腾。
余悬梁看到督国战神袁门隐和督国夫人战死后，军方混乱一片，道门也群魔乱舞，方才觉得一生无望，心灰意冷的他将还没研究透彻的长生药吞入腹中，将自己埋葬在军事研究基地的底层，直到数十年后方才醒来。
余悬梁醒来之后，黑暗动乱已经到了末期，无敌一生的吴真人在大世纷乱中寿终正寝，其徒弟王阳道尊消失不见，佛门退隐，只剩下一个苟延残喘的雷音寺，各门各派无数的高手战死，老一辈的高手死后，在战争中洗礼的各派年轻佼楚崛起，而当年的故人中，余悬梁只认识一个苗钟。
黑暗动乱时期的苗钟只是峨眉派收养的一名孩童，那时候的苗钟才五六岁，可余悬梁对他记忆犹新，因为当时的峨眉老掌门苗玉肌无论走到哪里手里都要牵着这个男孩，而男孩也对余悬梁记忆深刻，那时候的余悬梁和道尊王阳有很大的过节，而王阳算是苗钟的半个师傅。
匆匆百年，苗钟已经一百岁，余悬梁还是当年的模样，两人见到之后，原本敌对的仇家反倒是惺惺相惜起来。
黑暗动乱，完全是终止于一个苗钟，一人一剑，行走于天下，所到之处，不服者尽皆杀无赦。
苗钟在战乱中成长，在一次又一次生离死别中崛起，他看到峨眉掌门为了救自己而惨死，看到昔日保护自己的兄长和姐姐一个个远离自己，看到师兄和朋友们在战火的纷飞中死在自己面前。
苗钟发誓，要亲手结束这场持续了百年的黑暗动乱。
一剑诀出，鬼哭神嚎，所有高手全部饮恨，为了杀鸡儆猴，苗钟不惜将所有门派遗留的至尊全部铲除，包括当时的正派领袖，武当山的大掌门张天宗。那一战打得天崩地裂，张天宗手段尽出，最终还是死在苗钟的一剑诀下。
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