对于西班牙的审判进行的极为顺利，早在拿下马尼拉后，大明就收集了许多西班牙人的罪证，何况还有通事处之前就搜集到的一系列证据。此外，幸免于难的华人和明人也是这场大屠杀的人证，再加上马尼拉城中还有不少非西班牙人存在，这些人同样可以作证。
还有普通的西班牙人中也有良心未泯者愿意当证人，甚至一些在殖民地政府有着官职的西班牙人，为了减轻自己的罪责也成了当庭证人。
其实这并不希奇，因为西班牙人根本就没想过他们会丢失吕宋，毕竟西班牙人在吕宋经营了上百年，势力根深蒂固，在西班牙帝国看来，吕宋早就是西班牙人的天下，在自己的殖民地干这些事根本不算什么。
毕竟，西方国家在新大陆和非洲等地没少干过这种事，对于当地人的屠杀行为更是比比皆是。仅说新大陆吧，自大航海时代发现新大陆后，原本生活在这片土地的印地安人在极短的时间内就被屠杀上千万，之后的屠杀从未停止过，导致人口急剧下降，等到十九世纪后期和二十世纪初期，印地安人甚至成了少数民族面临消亡，那时候西方各国才陆续出台了对印地安人的保护法律，就算这样至二十一世纪时，美洲大陆的印地安人总体人口数量依旧不多。
所以在西班牙人看来，只要不是西方人，杀上一些是理所当然的。再者他们在吕宋搞这种屠杀不是头一回了，前后几次不都是没受到任何指责么？甚至当年任职的官员还因为屠杀有功回到本土后受到了西班牙国王重用。
正是因为这些原因，这一次西班牙人虽然表面上和之前稍有些不同，从一开始就躲藏在后面遥控，把土人推出来当成替罪羊，以图撇清自己的关系。
可是这都是自欺欺人，在强大的联军面前，西班牙人最终无奈投降，由于战败的太快，丢失马尼拉后这些相关证据是一找一大堆，当这些证据呈上法庭的时候，所有人都看得触目惊心，西班牙人的罪状简直就是罄竹难书。
在此，不能不提一个人，那就是在这场屠杀中为保全华人和明人，组织力量奋起反抗，之后又为法庭提供许多实证的功臣包德荣。
作为通事处在吕宋的最高官员，包德荣此次可以说是立下了大功，不仅是他，他的几名下属，比如罗素、姚亮、刘华几人同样立功不小，还有那些通事处的其他人员，这些功劳王东作为联军的总司令和大明军机大臣已写了奏折送至北京，朝廷很快就能为他们授勋嘉奖。
包德荣在最后一战中身负重伤，幸好后来抢救及时，这把他从死神的怀抱中拉了回来。
不过这次重伤后，包德荣左臂残了，身子也落下了毛病，再也无法在通事处继续任职。由于包德荣的这次表现让王东很是欣赏，所以在征求包德荣个人意见后，王东决定把包德荣从通事处要来，让他暂任马尼拉知府一职，至于正式任命他也写在奏折送了出去，如不意外的话朝廷很快就能批复。
当人证和物证送至法庭后，出乎意料的是最为愤慨并要求严惩凶手的并非是大明和葡萄牙、英国三国法官，反而是那位年长的意大利传教士。这位传教士愤慨地在法庭发言，声称这是违背了上帝意愿，为上帝所不允许的残忍行为，这些西班牙人根本就不能自称上帝的子民，他们已经完全投入了撒旦的怀抱，因为只有魔鬼才会做出这种事来。
在法庭上，吕宋都督里维拉到是保持了作为军人的气质，对于一系列的指控并不否认，同时坦然愿意接受任何审判结果。反而检审庭庭长萨尔瓦多却垂死挣扎，极力狡辩屠杀事件并非出自他的意图，而是那些土人所为，他这个检审庭长仅仅只是未能及时察觉，并且在之后应对失当，从而酿成了这个惨状。
不仅如此，萨尔瓦多还矛头一转，当庭指责联合舰队在毫无理由的情况下出兵吕宋，攻击西班牙舰队和马尼拉城。这种行为是不宣而战，不仅是对西班牙帝国的挑衅和侮辱，同样也是对整个西方世界的挑战。
面对萨尔瓦多的挣扎和狡辩，联合法庭用无法辩驳的证据一一展现回应，同时又召来十几个人证当庭作证，这些人证中不仅有华人，也有西方各国的人，甚至还有几个就是萨尔瓦多的下属和同僚，再加上里维拉的口供和当初带兵攻击庄园的马丁内斯上校和他的部下等人证言，都证明了萨尔瓦多才是真正的幕后主使。
就算面临这一切，萨尔瓦多依旧未肯认罪，可惜的是无论他是否认罪，证据确凿之下一切都真相大白。
最终，西班牙王国吕宋检审庭庭长萨尔瓦多、都督里维拉及直接参与此事的军政双方共计三十九人被审判犯有各项重罪以绞刑方式处死。而其余对屠杀事件负有责任，但罪不至死的一百一十二人分别判处十年至三十五年的刑期。
当威廉.亚当斯以联合法庭大法官的身份宣布最终审判结果时，这些犯人个个面如土色，精神气一下子就从他们各自的身体中被抽一空。尤其是之前在法庭上叫嚣狡辩，毫无反悔之意的萨尔瓦多的表现更是不堪，直接瘫倒在地，放声大哭。
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