三面环海的长崎港是日本距离中国最近的良港，它同上海之间的直线距离大约只有860公里，距离对面的朝鲜釜山港大约53公里左右。如果顺风的话，从上海到长崎的商船也就只需10天，从长崎到釜山港大约也就一天而已。
所谓的长崎港，主要还在于中岛川的河口到兴福寺门前这一段。围绕着中岛川下游两侧河岸，正是长崎最为繁华的商业区。和长崎西北百余里外的平户岛相比，长崎开埠的时间虽然较晚，但是发展的势头却极好。
如果说平户岛的外商主要是以华人、荷兰人为主，那么长崎大约就是葡萄牙人、华人的贸易基地了。不过，在普特曼斯攻下长崎之后，便将被幕府赶走的荷兰商馆人员安置在了这里，从而使得荷兰人在长崎的势力急剧膨胀了起来。
普特曼斯、郑芝龙带领舰队攻下长崎、平户时，不仅收缴了长崎町奉行的金库，还没收了幕府特权商人，主要是那些丝割符仲间商人的资产。
自从大明方面开始对生丝出口贸易进行管制之后，白丝价格便从2800钱每百斤生丝一度涨到了4000钱以上，其中等级最高的一级湖丝甚至达到了6000钱每百斤。
每年输入日本的生丝，过去大约为30-40万斤，前两年的时候一度上升到百万斤一年。从去年开始又回落到了每年60万斤左右。
原本主要针对葡萄牙人的丝割符制度，在明人控制了生丝出口之后，也被幕府扩大到了所有贩卖生丝到日本的商船上面。
在今年，生丝价格下挫到了3500钱每百斤（421两/担），至今为止销售了50万斤生丝左右，也就是创造了210万两白银的生丝市场。
但是这些仲间商人把这些生丝出售到京都，即可卖出5000钱每百斤的价格，差不多可以获得超过40%以上的暴利。由于日本的生丝质量不及经过分级的中国丝，因此中国丝的大量进口还打击到了日本本土的生丝产业，更是增加了日本丝绸生产商人对于中国丝的需求。
普特曼斯和郑芝龙从长崎町奉行的金库中收缴了大约35万两存金，从这些特权商人手中没收了大约15万两，但是当叶雨轩抵达长崎后，北路舰队移交给他的存金，只剩下了30万两，主要是白银和铜钱。
消失的20万两存金，叶雨轩很快就弄清了去向，不过他并不打算揭破这件事。因为普特曼斯生怕他追究这些消失的金银，很是爽快的把长崎的权力移交给了他，然后便率领舰队继续北上了。
只专心从金库里弄钱的荷兰人，居然没有发现金库里的金银除了来自本州岛的石见银山之外，还有一部分则来自于长崎附近的银山。
而金库中的铜钱占了大约近三分之一的价值，铜钱种类主要为两种，一种是庆长十一年发行的庆长通宝，一种是元和元年发行的元和通宝，每枚铜钱大约重2.6克，每4000枚相当于黄金一两，白银50钱（日本的金衡制）。
不过荷兰人也并不是没做什么好事，虽然普特曼斯在叶雨轩抵达之前抢先建立了长崎自治会议，并让荷商史必克担任了长崎自治会的议长。
这位新任的荷兰议长在叶雨轩抵达之前，下达了一个向长崎、平户商人筹集联军维持治安费用的政策。长崎5万多居民，商人就有一万三千多人，其中华商占据了近半。
只是这些华商不愿意出头，方才让荷兰人强占了议会的主导权力。不过这倒也给叶雨轩省了点事，如果是华商主导了议会，还未必能够拉下脸来收取这笔治安费用。
在史必克的威胁利诱之下，议会从长崎、平户商人身上就收取了约120万贯的治安费用，相当于黄金6万两。这笔钱倒是刚好抵消了联军对于熊本、萨摩两藩的军费援助，也让叶雨轩认同了这个议会的存在。
有了这个自治议会之后，叶雨轩很快就从长崎的日常繁琐事务中脱离了出来。作为东海巡阅府副使和联军司令部的9名执行委员之一，他现在有着更为重要的事务需要思考。
联军在九州岛上的辉煌胜利，现在看起来也未必是什么好事。由于胜利得来的过于轻松，因此造成了熊本、萨摩藩的不少武士觉得，明国和南蛮各国的盟友在战争中其实并没起到什么作用，但却吃下了最为肥美的战利品长崎-平户地区，这让他们感觉格外的不爽。
本身就比较排外的萨摩人，在失去了笼罩在他们头顶的幕府势力的威慑之后，更是觉得之前同明国、南蛮各国结盟过于草率了。于是便从军中传出了，不管再怎么感激盟友的帮助，也不能拿日本的土地给予外国人的声音。
至于熊本藩的加藤忠广则是野心勃勃，自认为在战场上倒戈一击的他功劳最著，因此想要获得战后最大的领地分配。在加藤忠广看来，佐贺、小仓等藩的领土应当归于自己，对于福冈藩则应当削去一半的领地，至于萨摩藩的领地则不应当越过九州中部。
而位于本州西南端的长州藩虽然没有参加九州之战，但却要求收回原本属于自己的小仓藩领地，并要求九州联军尽快北上，协助长州军上洛。
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