礼妃离开之后，朱由检在房内独坐了一会，才把吕琦等人召唤了进来，他向着吕琦问道：“接下来还有什么人要见？”
吕琦略略想了一会，便回道：“孙传庭已经在外面等了一小会，另外还有礼部的…”
“除了孙传庭外，其他人都让他们回去吧，让他们把奏章留下也就是了。”朱由检想了想，就对吕琦直接吩咐了下去。
在吕琦前去传召孙传庭的时间里，朱由检还在思考着钱谦益通过柳如是传到他面前的讯息。也许在这个时代的人眼中，这是妇人干政，是政治混乱的一种表现。
但是对于朱由检来说，只要能够巩固自己的权力，他并不介意采用一些非常规的手段。既然他限制住了内廷向外朝干涉的权力，自然需要用另一种方式去干涉外朝的政治，他可没打算把自己的手脚自己绑起来，当一个庙堂之上的泥塑神像。
此外，外朝的官员们也需要内廷主动放出来的风声，从而让他们选择一条正确的道路，而不是走到宫中的对立面去，这也是基于政治现实的各取需要。
不过很显然，今日从柳如是口中传回他耳中的消息，让他颇为不快。眼下看来，钱谦益大约是猜中了他的用意，可是对方的胆子实在是不大，到了这一刻还想要进一步的确认，这无疑有些画蛇添足了。毕竟他沉默了这么久，不正是希望让自己站在一个超然的地方，以应对这件事么。
当朱由检在心中暗暗骂着钱谦益的时候，孙传庭终于跟着吕琦走进了皇帝的书房。原本他并不需要这么早入宫求见的，只不过在年前崇祯对他有所吩咐，他觉得这个任务不宜延迟下去，这才赶着今日来汇报了。
收拾好心情的朱由检，听完了孙传庭的汇报，脸色也变得严肃了起来，“这么说来，年前交给你的那些卷宗，你已经全部查证落实了？这些将领、军队的确有杀良冒功和劫掠平民的行径了？”
孙传庭的脸色也有些不太自然，不过他还是点着头回道：“的确是如此，但是这些案子不仅仅牵连到守备部队和民团，野战部队同样也有人牵涉进了案子。若是大张旗鼓的进行处理，臣担心会引发兵变。”
“哈，哈哈。”朱由检冷笑了几声后说道：“国家一年岁入的七成用以给养军队，而卿作为陆军参谋总长却告诉朕，要是朝廷下令处置这些残害民众的兵痞，就有可能会引发兵变？
孙总长，朕要求你大声的回答朕，总参谋部究竟有没有能力控制住军队？你作为参谋总长，究竟有没有控制局势的能力？”
这还是皇帝第一次在他面前发怒，孙传庭额头上微微沁出了汗珠，他不再犹豫的向皇帝回复道：“臣对于控制地方上的局势是有信心的，臣对总参谋部对于各只军队的控制能力也是有着信心的。臣只是担心，涉案人数不但多且分散于各地，一旦我们开始抓人彻查，这些心怀不轨的兵痞得到消息后会立即逃亡，甚至于裹挟同僚作乱，这样有可能进一步破坏地方上的秩序，也给我们处理问题带来不。因此臣才建议，是不是分时间，分地域，分部队，将这些案子一一进行处理。”
对于孙传庭的谨慎，崇祯却不以为然的说道：“卿以为，什么的敌人最令人头痛不已？”
孙传庭还在思考皇帝提出的问题时，崇祯却已经自问自答的说道：“朕以为，看不见的敌人最令人头痛。
眼下这些兵痞看似只是杀良冒功，没有背叛朝廷。但是他们既然敢于无视朝廷和总参谋部定下的军规，今天可以杀良冒功，明日自然可以割据地方对抗朝廷了。对于那些违反了规则的人来说，只要这一次没有受到惩罚，那么下一次破坏规则就更加毫无顾忌了。
今日不过是让他们在国内维持秩序，他们已经把朝廷的命令视若无物，那么明日若是有敌军大兵压境，这些军队难道还会听从朝廷的命令前往前线去抗击敌军吗？
若是不能够给他们一个狠狠的教训，这些人就不会畏惧国法军规，那么他们很可能因为一次小小的矛盾就走向朝廷的对立面。想要培养出良马，就必须不定期的淘汰病弱之驹；想要种植出能够作为宫殿支柱的巨木，就应该从小修剪旁枝。
总参谋部如果想要让军队令行禁止，就不要害怕对军队中的兵痞蛀虫进行清理。现在都已经是崇祯十四年了，我们整顿军队编制实施条例都已经超过了十年，朕还真就不相信了，处理几个兵痞，还能四处动荡了。朕相信，我们的军队，绝大多数还是可靠的，忠于朝廷的。
因此，朕希望这一次总参谋部能够大张旗鼓的处理这些人员，也好看一看，到底军队里还隐藏着多少看不见的敌人。
另外，总参谋部也没有这么多时间去慢慢处理这些问题。我们虽然同后金达成了和平协议，但是不要认为双方之间就能永远和平下去。大明和后金之间只存在暂时的停战休息时间，我们和后金是不可能共存于一个世界的，朕是这么想的，黄台吉也同样是这样想的。
去年我们遭遇了前所未有的自然灾害，原本是后金入侵的最好时机，只不过后金国内也存在着极大的问题，所以双方保持了和平。但是总参谋部应该已经收到消息，黄台吉已经理顺了内部的问题，正准备重新恢复满洲八旗的编制，那么总参谋部就应该小心，防备黄台吉撕毁和平协议，进攻我国或是臣服于我国的藩国部族。
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