明朝精锐大军正在宁夏如火如荼进行平叛，宁夏巡抚朱正色、甘肃巡抚叶梦熊、监军御史梅国桢，大将刘承嗣、董一奎、李如松先后抵达。六月初，明军再次发动攻城，仍连战不下宁夏镇城。
四镇总督魏学曾派使者叶得新招降哱拜叛军大将刘东旸、许朝，命二人杀死哱拜父子以赎罪。刘东旸、许朝等叛将将计就计，诓骗使者叶得新入城，打断使者叶得新小腿，关入狱中。
刘东旸、许朝等叛将要求官军再派使者商议，宁夏巡抚朱正色认为叛将有心归降，派曾经总管宁夏军的张杰进城招降。结果叶得新骂贼遇害，张杰也被扣压。
魏学曾、朱正色招降叛军大将不成，却无心插柳柳成荫。叛将百户姚钦、武生张遐岭等见叛军难成气候，在宁夏镇城中用箭将一信射到城外，相约为内应，半夜点火为信号。
火点后，城外的官军未到。官军两次上当，也不敢轻信叛军再次上当。投诚叛军将领与姚钦同谋的五十余人被杀死，姚钦慌忙缒绳出逃城外明军大营。
哱拜叛军对进剿官军假意要求抚恤以为缓兵之计，暗地里与盗匪勾结，然而城中粮食已吃完，形势更为不利。魏学曾因请求安抚叛军，被皇帝朱翊钧严词责备。
七月，魏学曾与叶梦熊、梅国桢定下计策，决黄河堤坝，以水灌城。黄河水冲到宁夏镇城下。河套诸部著力兔歹成台吉、庄秃赖率三万骑兵进犯定边、小盐池，以铁雷为前锋，另派宰僧领一万骑兵从花马池西沙湃口进攻，声援哱拜。
麻贵在右沟成功将其阻击，使其分路赴下马关及鸣沙州。魏学曾命游击龚子敬扼守沙湃口，征延绥总兵官董一元捣毁铁雷巢穴，斩首一百三十余级，河套诸部大惊而走。在沙湃口包围龚子敬，龚子敬战死。
宁夏哱拜叛军至此失去外援，被迫困守宁夏镇城，拼死抵抗，明军也没有立即展开进攻，只等城中叛军内讧生变，再一举攻克宁夏城。
朝鲜使节李德馨奉命赶到辽阳城屡次上书明朝辽东巡抚郝杰，并在巡抚帐下日夜痛哭不走，堪比申包胥哭秦庭。随着朝鲜王李昖君臣渡海内附大明，大明朝廷开始接手朝鲜军政事务。
朝鲜八道沦陷，只剩下平安道北部靠近大明辽东都司鸭绿江一带被宽甸副总兵佟养正出兵夺回，咸镜道已被加藤清正第二军团攻陷，朝鲜世子李珲率领的分朝逃亡被囚讷殷部，朝鲜名存实亡。
大明朝廷内部宁夏叛乱尚未平定，又不得不接手朝鲜烂摊子，以兵部尚书石星为首的主战派提出：“倭寇之图朝鲜，意实在中国，而我兵之救朝鲜实所以保中国。”
内阁代首辅赵志皋按照皇帝朱翊钧旨意命兵部尚书石星调兵遣将出战，大明朝廷出现两种军事分歧，朝廷以次辅张位、兵部尚书石星为首，地方以及辽东巡抚郝杰为代表提出从辽东出兵进攻侵朝日军，张位提出吞并朝鲜未获准。
朝廷以首辅赵志皋、户部尚书杨俊民为首，地方以浙江巡抚常居敬、福建巡抚张汝济、台海游击将军陈瀚为代表提出浮海征伐日本，直捣黄龙，永绝后患。
大明朝廷内部为援朝还是征倭展开激烈辩论，朱翊钧、赵志皋君臣顺势引导，成功将朝臣目光从立储一事上转移到朝鲜战事上。
朱翊钧下旨兵分南北两路大军进攻日本本土及侵朝日军，北路以辽东巡抚郝杰为总理征倭大军粮草辎重，辽东总兵杨绍勋率辽东兵五千出征朝鲜倭寇，并节制朝鲜兵马。同时征调建州卫左都督努尔哈赤五千建州兵，共计一万兵马。
南路为征倭主力，以福建巡抚张济汝为征倭总理，坐镇福州调集粮草辎重。启用前狼山副总兵老将陈璘暂代征倭总兵，统率浙江、福建、两广两万五千大军浮海征伐日本本土，直捣黄龙。
朱翊钧下旨命台海游击将军陈瀚为征倭水师提督（临时官职），统率台海游击将军府三万大军协助征倭总兵陈璘渡海征伐日本。并许诺攻灭日本后，封陈瀚为东瀛大都督，统兵镇守东瀛，永绝倭患。
台海游击将军府治下也开始热闹起来，从国朝不断渡海前来台海的游侠多不胜数，明朝侠风盛行，最出名者当属掌控大明朝政的邵大侠。
邵大侠曾自请协助徐阶起复，徐阶不纳，后转投高拱。最终协助高拱再入内阁，掌控朝政。高拱下台之后，邵大侠为张居正不容所杀。
东洋商行招募探险队告示在国朝沿海各城一经张贴，游侠儿、江洋大盗等艺高人大胆之徒纷纷闻讯渡海赶来台海城，应聘者如云，不下三千余人。陈瀚指示毛文龙、曾大牛悉数招募进探险队。
东洋商行迅速组建起来，拥有武装战船三十八艘，武装人员三千余人，都是些艺高人大胆的穷凶极恶之徒，更有不少是在国朝行凶逃出海的通缉犯，纷纷被陈瀚收入麾下东洋商行武装殖民探险队。
东洋商行总部设在台海城，在李建秀、毛文龙、陈申、曾大牛主持下在淡水县港口码头举行放洋仪式，曾大牛、毛文龙为武装探险队队长兼总管事，两人分别统率十六艘新式福船武装船队搭载佛朗机炮放洋出海北上琉球国。
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